Descendente de libaneses, nasceu na cidade de Manaus, no Amazonas. Depois dos estudos secundários na capital, mudou-se para São Paulo. Três anos depois ingressou na Universidade de São Paulo e foi perseguido ainda na FAU pelo DOPS da ditadura, por envolvimento com o DCE da USP.

Em 1978, passou a lecionar História da Arquitetura na Universidade de Taubaté, onde permaneceu até pedir o afastamento devido a uma bolsa de estudos que lhe havia sido concedida na Europa.

Em 1980, viajou para a Espanha como bolsista do instituto Iberoamericano de Cooperación. Nesta década, viveu entre Madri e Barcelona. Logo depois, mudou-se para a França, onde cursou pós-graduação na Universidade de Paris III.

Milton escreveu quatro romances: Relato de um Certo Oriente, Dois Irmãos, Cinzas do Norte, que venceu o Prêmio Portugal Telecom de Literatura e todos os três primeiros ganhadores do Prêmio Jaboti e Órfãos do Eldorado.

Aos 68 anos, já vendeu mais de 200 mil exemplares no Brasil e já traduziu para doze países, como a Itália, França, Espanha. Em suas obras, costuma falar de lares desestruturados com uma leve tendência política.

Em suas duas últimas obras, Dois Irmãos e Cinzas do Norte, Milton Hatoum fez uma sutil crítica ao Regime Militar Brasileiro. Hatoum publicou também ensaios e artigos sobre literatura brasileira e latino-americana em revistas e jornais do Brasil, da Espanha, França e Itália.

Alguns de seus contos foram publicados nas revistas Europe, Nouvelle Revue Française (França), Grand Stree (Nova York) e Quimera (México). Participou de várias antologias de contos brasileiros publicados na Alemanha e no México, e da Oxford Anthology of the Brazilian Short Story.