Seu passado remonta ao período da colonização, época em que nas suas terras funcionava o antigo Engenho de Pedro Dias, mas tarde chamado de Morgado de Belém (Morgado – propriedade que, por morte de seu possuidor, era transferida ao filho mais velho, sem que este pudesse dela dispor por alienação, divisão ou venda). Estas terras faziam parte de uma grande sesmaria de quatro léguas pertencentes à Freguesia de Sacra Familia do Caminho Novo do Tinguá, concedida a Inácio Dias Velho da Câmara Leme, filho de Garcia Rodrigues Paes (o Caçador das Esmeraldas), que no início do século XVIII abriu o Caminho Novo para com mais rapidez transportar o ouro das Minas Gerais.
Com o falecimento de Ignácio Dias, suas terras divididas passaram a seus netos Pedro dias Macedo Paes Leme, Marquês de São João Marcos, as situadas a oeste do Rio Sant’Ana e ao Marquês de Quixeramobim, as situadas a leste do mesmo rio. O primeiro núcleo de povoamento, na área, formou-se ao redor da Capela dedicada à Nsa. Sra. De Belém e ao Menino Deus, edificada nas terras do seu engenho e autorizada pela Provisão de 08 de Janeiro de 1762.
A história de Japeri tem início em 1743, quando de sua fundação como Morgado de Belém. Posteriormente, o Marquês de São João Marcos deu à localidade grande desenvolvimento. Além de incentivar a lavoura, montou vários engenhos de açúcar, construiu inúmeras casas, inaugurou a primeira escola, erigiu a igreja do Menino Deus e, em 1872, criou um teatro. Ainda por influência do Marquês, foi construída a Estrada de Ferro D. Pedro II.
A palavra Japeri (Yapó – Yuí – aquilo que flutua) de origem indigena denominava uma planta semelhante ao junco, que flutuava nos pântanos da região, a qual os índios chamavam yaperi . Esta denominação substituiu o nome de Belém, dado à localidade pelos bandeirantes paulistas responsáveis por sua ocupação, que permaneceram em seu território por quase dois séculos.
A outrora Belém recebia trens provenientes da estrada de Ferro Central do Brasil, também,da antiga Estrada Melhoramentos do Brasil, mais tarde encampada e chamada Linha Auxiliar. O prédio histórico, inaugurado em 1858, foi construído em técnica enxaimel (madeiras encaixadas e preenchidas com tijolos), e foi objeto de homenagem dos correios em 1984.
Em 1960, aconteceu nas proximidades da estação o célebre assalto ao trem pagador da Estrada de Ferro Central do Brasil, no antigo trecho, hoje abandonado, que ligava Japeri à Miguel Pereira
Japeri ocupa uma área de 82.954km2, limitada pelos Municípios de Paracambi, Seropédica, Queimados, Nova Iguaçu e Miguel Pereira. Banhado pelos rios Guandu, Santana, Rio d’Ouro, Santo Antônio, São Pedro e Ribeirão das Lajes, responsáveis pelo abastecimento de água da região metropolitana do Rio de Janeiro. O Município foi emancipado, por plebiscito , em junho de 1991, do Município de Nova Iguaçu. Apresenta aptidão para o lazer , em virtude de sua localização às portas da Serra do Mar, a caminho de cidades do Centro-Sul, como Miguel Pereira, Paty do Alferes e Microrregião de Vassouras, do Pico da Coragem, com rampas utilizadas para a prática do voo livre, além das diversas opções de lazer ecológico, com trilhas e cachoeiras. Encontra-se, também, o primeiro campo de Golfe Público do País, abandonado pela Federação de Golfe do Estado do Rio de Janeiro, cujas dimensões foram reduzidas após as obras da construção do Arco Metropolitano.
O Engenho de Pedro Dias, que se tornou Belém e hoje, orgulhosamente, Japeri. Município do Estado do Rio de Janeiro é conhecido por estar localizado e ser a última estação do maior ramal da Estrada de Ferro Central do Brasil.
